El 14 de septiembre se estrenó en la fase de grupos de la Liga de Campeones de la UEFA contra el Real Madrid en el Estadio Santiago Bernabéu. En la temporada 2006-07, los blanquivioletas, dirigidos por José Luis Mendilibar, ascendieron con brillantez, siendo campeones de Segunda y batiendo los récords de imbatibilidad y de puntos. El 29 de julio el aragonés Joaquín Sicilia fue designado para proyectar el denominado Nuevo estadio de San José que tendría una capacidad de 43 000 espectadores -con posibilidad de ampliar hasta los 50 000-. Con un coste inicial de 103,5 millones de euros -según cálculos del Ayuntamiento-, camisetas de futbol baratas la construcción proyectada para mediados de 2009 y finalizada en 24 meses no llegó a producirse.
