Diez años costó recuperar la categoría. En el último se quedó a un único tanto de ascender de categoría ante el CD Castellón. En 2001, 2003 y 2005 jugó el play off de ascenso a la Segunda división española. Este club tiene una gran proeza en el fútbol nacional, al no perder ningún partido de liga desde el 1 de diciembre cuando fueron derrotados por el Grasshoppers de Zúrich por 1 a 2. El 26 de febrero de 2006 el Basel impuso su propio récord de 52 partidos invictos en casa.
