Mientras se buscaba una cancha neutral para jugar la liguilla y la segunda fase de la Libertadores, finalmente se decidió por La Corregidora en Querétaro, pero este escenario no benefició al equipo, ya que empataron su juego contra Santos y perdieron con Morelia siendo eliminados de ambas competencias. Para el Apertura 2012 nuevamente bajo la conducción de Miguel Herrera, el América hace una buena campaña ganando 8 partidos, empatando 7 y solo perdiendo 2. En la liguilla venció por marcador de 3 a 2 a Morelia, ganando 2-0 en el Estadio Morelos y perdiendo 1-2 en el Estadio Azteca, en semifinales cayó por marcador de 3 a 2 global ante el Toluca.
